Pada pertengahan tahun 1860an, Sultan Abu Bakar dalam rangka lawatannya ke Eropah telah berkesempatan melawat Khalifah Othmaniyyah di Istanbul. Sebagai tanda ke atas hubungan baik kedua belah pihak, baginda kemudiannya diiktiraf sebagai Sultan Johor oleh Kerajaan Othmaniyyah Turki mulai 13.02.1886. Baginda memakai gelaran Sultan dengan gelaran Sultan Abu Bakar Alkhalil Ibrahim Shah. Hubungan Johor dengan Khilafah Othmaniyyah amat akrab khususnya sejak tahun 1885 iaitu apabila Johor diperintah oleh Sultan Abu Bakar hinggalah tahun 1922 di bawah pemerintahan Sultan Ibrahim. Beberapa buah bangunan khasnya istana-istana dan masjid-masjid dipengaruhi oleh bentuk-bentuk bangunan lama di wilayah Khilafah Othmaniyyah.
Berdasarkan hubungan Johor dan Khilafah Othmaniyyah yang begitu erat, dapat dikatakan bahawa Johor sebenarnya telah diperintah menggunakan sistem Khalifah, iaitu berada di bawah naungan Khilafah Othmaniyyah dan bukannya sistem "British" seperti yang digambarkan di dalam buku-buku sejarah. Ini dapat dibuktikan semasa dalam Perjanjian Inggeris-Johor Tahun 1885, di mana Inggeris menganggap Johor sebuah negeri yang berdaulat dan merdeka kecuali dalam perkara yang berkaitan dengan hal ehwal luar yang diserahkan kepada Inggeris (Ronald Braddell: 1931). Dengan termeterainya perjanjian tersebut juga Inggeris telah mengiktiraf Maharaja Johor sebagai Sultan sebagaimana yang dikurniakan oleh Khilafah Othmaniyyah bagi negeri dan jajahan Johor.
