Bendera DiRaja ini adalah bendera peribadi DYMM Sultan Johor. Warna putih diwarisi dari bendera peribadi Sultan Husain Shah (1819 - 1835) dan dikekalkan oleh Temenggong Ibrahim (1855 - 1862) melambangkan kesucian dan berserah kepada Allah.
Pada tahun 1871, Sultan Abu Bakar (1862 - 1895) menambah dan memasukkan lambang anak bulan dan bintang pecahan sembilan sebagai menandakan kedudukan tertinggi mengetuai negeri.
Warna biru dipadankan dari warna langit (Sky Blue atau Royal Blue) melambangkan kesejahteraan.
Bendera ini menjadi simbol kedaulatan raja yang memerintah.
Penggunaan simbol pecahan bintang adalah berdasarkan ajaran Islam sebagaimana yang terdapat dalam bintang darjah kebesaran.
