Kemunculan pentadbiran kerajaan lslam Johor adalah hasil daripada
kejatuhan kerajaan Melaka pada tahun 1511 akibat serangan Portugis,
Pentadbiran pada zaman empayar Johor terbahagi kepada dua tahap,
peingkat Johor Lama atau Johor Tua yang bermula selepas kejatuhan
kerajaan Melaka (1511-1699).
Johor Moden
Peringkat kedua dinamakan Johor Moden yang bermula dari tahun 1895
iaitu semasa pemerintahan Sultan Abu Bakar hingga Johor berada di
bawah naungan Inggeris pada tahun 1940 atau sebelum berlakunya
Perang Dunia Kedua.
Semasa pentadbiran Kerajaan Johor Lama (1511-1699) terdapat satu
undang-undang yang utama iaitu Undang-Undang Johor. la telah dibentuk
sejak tahun 1523 iaitu selepas kejatuhan Melaka dengan berasaskan
kepada Undang-Undang Adat Temenggung, Undang-Undang Melaka,
Undang-Undang Laut Melaka dan Kampulan Undang-Undang Johor.
Undang-Undang Johor menerima pengaruh Undang-Undang Islam yang
diambil secara langsung daripada Undang-Undang Melaka dengan
menyisipkan fasal-fasalnya ke dalam fasal-fasal Undang-Undang Johor.
Kemudian ditambah dalam perkara-perkara seperti fasal harta,
perhambaan, kerosakan disebabkan oleh binatang ternakan, perkahwinan
dan perzinaan.
Pentadbiran kerajaan Johor mula tersusun di era pemodenan yang dikenali
zaman Johor Moden. Pada 14 April tahun 1895, Sultan Johor yang terkenal
sebagai bapa Pemodenan John, Sultan Abu Bakar telah memperkenalkan
pemasyhuran perlembagaan bertulis dengan menubuhkan Majlis Menteri-
Menteri Diraja Johor dan sebuah Dewan Undangan Negeri.
Berdasarkan penguatkuasaan Undang-Undang Tubuh Kerajaan Johor
1895, fasal 28, apabila Jemaah Menteri telah diinstitusikan secara bertulis,
berlaku rombakan besar-besaran dalam struktur perjawatan Kerajaan
Johor.
Di antara jabatan baru yang diwujudkan ialah Jabatan Agama dan
Pelajaran Negeri Johor dengan memperkenalkan penjawat Yang
Dipertuanya iaitu Yang Mulia Ungku Mohammad Khalid.
Pengisytiharan Undang-Undang Tubuh Kerajaan Johor yang pertama
seumpamanya di negara ini membuktikan bahawa undang-undang dan
pentadbiran Islam telah dilaksanakan di negeri Johor. Serentak dengan itu
jawatan Mufti dan Kadi telah dimasyhurkan dengan rasminya. Berikutnya,
Pejabat Kadi (Mahkamah Kadi) turut didirikan di semua daerah secara
berperingkat di negeri ini yang berfungsi antara lain bagi melicinkan
pentadbiran agama Islam di peringkat daerah.
Mufti Pertama
Terdahulu daripada itu, iaitu pada tahun 1873, jawatan Mufti telahpun
diwujudkan dan disandang oleh Dato' Syed Salim bin Ahmad al-Attas
makakala Kadinya ialah Haji Abdul Rahman. Seterusnya pada tahun 1893,
Kadi-Kadi bagi jajahan Johor telah dilantik dan berfungsi sebagai pengapit
hakim di dalam sebagai mahkamah-mahkamah di negeri Johor iaitu satu
amaIan yang wujud hingga ke tahun 1909.
Pada 2 November 1895, selepas kemangkatan Sultan Abu Bakar,
anakanda baginda Sultan lbrahim dimahkotakan sebagai Sultan Johor.
Seperti juga ayahandanya, baginda seorang yang berhemah tinggi dan
bijaksana menjalankan pemerintahan negeri. Di bawah pemerintahan
Sultan Ibrahim telah diperkenalkan suatu undang-undang mal Islam iaitu
"Majalah Ahkam Johor¿ untuk diguna pakai dan dijadikan panduan di
negeri itu mulai tahun 1913. (Rujuk Buku Laporan Kehakiman 2004 Johor)