Selepas Persekutuan Tanah Melayu mencapai kemerdekaan pada tahun 1957, terdapat 3 jenis aliran sekolah bagi pendidikan sekolah menengah di Johor.
Para pelajar di Johor ketika itu mempunyai 3 pilihan untuk meneruskan pendidikan mereka di peringkat menengah setelah tamat pendidikan di sekolah rendah.
Pelajar berdasarkan kelulusan sekolah rendah berpeluang memasuki Sekolah Menengah Aliran Inggeris, Sekolah Menengah Aliran Melayu serta Sekolah Menengah Dwi-Bahasa.
Selepas merdeka, Sekolah Menengah Aliran Melayu dikenali dengan nama Sekolah Menengah Kebangsaan, menggunakan Bahasa Melayu sebagai bahasa utama pembelajaran.
SMK Dato Bentara Luar, Batu Pahat adalah sekolah menengah aliran melayu yang pertama ditubuhkan di Persekutuan Tanah Melayu pada tahun 1958. Bermula dengan menumpang di High School Batu Pahat, sebelum berpindah ke bangunan sendiri di Jalan Lim Yew Leong pada tahun 1961.
SMK Tunku Mahmood Iskandar pula ditubuhkan pada tahun 1965 dengan nama awalnya Sekolah Menengah Rendah Parit Saidi. Pada permulaannya, sekolah ini memulakan sesi persekolahannya dengan menumpang di dua buah sekolah kebangsaan, SK Parit Kemang & SK Kampung Baru, sebelum berpindah ke bangunan sendiri.
SMK Tun Aminah juga ditubuhkan pada awal tahun 1965 dengan permulaannya menumpang di SMK Perempuan Temenggung Ibrahim.
SMK Dato Sulaiman bermula pada tahun 1965 dengan nama SMR Parit Sulong. Pada pertengahan 1966, sekolah ini telah berpindah ke bangunan sendiri setelah menumpang di SK Parit Sulong dan SJKC Parit Sulong.
SMK Senggarang juga mula ditubuhkan sebagai sekolah aliran melayu pada awal tahun 1965 dengan menumpang di SK Senggarang dan SJKC Chong Hwa, sebelum berpindah ke bangunan sendiri pada tahun 1967.
Selain itu, terdapat beberapa buah sekolah menengah aliran melayu yang dibina seperti SMR Seri Medan, SMR Dato Onn dan SMR Rengit
