Bendera Johor yang pertama berwarna putih telah digunakan sebelum tahun 1855 pada zaman Temenggung Daeng Ibrahim. Selepas itu Bendera Johor berubah kepada warna hitam dengan penambahan petak kecil berwarna putih di sudut atas penjuru kiri bendera dan telah digunakan sehingga tahun 1865. Kemudiannya ditukar petak kecil tersebut kepada warna merah berpangkah putih.
Pada tahun 1871, Sultan Abu Bakar telah mereka semula bendera Negeri Johor serta bendera peribadi raja. Baginda menggantikannya kepada warna biru laut dan segi empat berwarna merah dengan bulan sabit dan bintang pecah lima berwarna putih di sudut kiri bendera. Sejak itu, bendera yang direka oleh baginda digunakan sebagai bendera rasmi Negeri Johor sehingga kini.
Bendera Johor pada masa ini dikatakan mirip dengan Bendera Turki. Ini kerana telah wujudnya hubungan diplomasi Sultan Johor dengan Kerajaan Uthmaniyyah Turki pada satu masa dahulu. Di zaman penjajahan di Tanah Melayu, Bendera Johor sentiasa dikibarkan lebih tinggi daripada Union Jack (bendera British). Hasil kebijaksanaan Kesultanan Johor dalam memastikan kedaulatan Sultan dan bumi Johor sentiasa dipelihara dan dipertahankan jelas dapat dilihat.
